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スタイルシートを設定して、本文のHTMLファイルをつくれば、電子書籍は「できたも同然」なわけですが、このままだと「縦書きだけど右開き」というおかしなことになってしまうわけです。なので、左開きになるように設定しておきましょう。
本の開き方を設定するのは、content.opfです。content.opfの前の方、<metadata>セクションに、次の行を追加します。

さて。
検索していただければわかるように、電子書籍のつくりかたを解説したページはたくさんあるわけですが、そのいくつかには、「content.opfの<spine toc="ncx">を<spine page-progression-direction="rtl" toc="ncx">に書き換える」と解説してあるものがあります。
もちろん、それも正しい方法ではあるのですが。
sigilでつくった、EPUB2仕様のもの限定かもしれませんが……その方法だとEPUB Checkを通らないんです（<metadata>セクションの方だと通ります）。
「EPUB Checkを通らないからダメ」というわけではないですが、通らないより通った方がいいのは確かなので、sigilを使う方は覚えておきましょう。